事業所得のある人は、青色申告か白色申告で確定申告することになります。青色申告にすることによって、さまざまな特典が受けられます。そのためには、きちんと帳簿を記帳し、備えつける必要があり、また正規の簿記の原則により記帳しているかどうかによって、控除額が変わってきます（下記A参照）。

これらの帳簿及び書類などは、7年間保存することとされています。書類によっては5年間でよいものもあります。

なお、青色申告を選択するためには、事前に税務署へ届出書の提出が必要です。平成18年分から青色申告を選択する場合には、平成18年3月15日までに「青色申告承認申請書」を提出しなければなりません。

また平成18年中に新規に開業した人は開業日より2ヶ月以内に「青色申告承認申請書」を提出しなければなりません。

事業所得の金額に係る取引を正規の簿記の原則、一般的には複式簿記により記帳し、その記帳に基づいて作成した貸借対照表を損益計算書とともに確定申告書に添付して確定申告期限内に提出している場合には、原則としてこれらの所得を通じて最高65万円を控除することを認めるというものです。

また、正規の簿記の原則によらず簡易的に帳簿を記帳している場合には10万円を控除することを認めるというものです。

「青色事業専従者給与に関する届出書」を提出期限内に提出した場合には配偶者やその他の親族のうち、年齢が15歳以上で、その青色申告者の事業に専ら従事している人に支払った給与を届出書に記載された金額の範囲内で必要経費として認めるというものです。

なお、青色事業専従者として給与の支払を受ける人は、控除対象配偶者や扶養親族にはなれません。

事業所得を生ずべき事業を営む青色申告者で、その事業の遂行上生じた売掛金、貸付金など貸倒れによる損失の見込額として、年末における売掛金や貸付金等の帳簿価額の合計額の5.5％以下の金額を貸倒引当金勘定へ繰り入れたときは、その金額を必要経費として認めるというものです。

事業所得などが赤字になり、純損失が生じたときには、その損失額を翌年以後3年間に渡って、各年分の所得から差し引くことができるというものです。

また、前年も青色申告をしている場合は、純損失の繰越しに代えて損失額を前年の所得から差し引き、前年分の所得税の還付を受けることもできます。