確定申告書を手に入れる際、一緒に納付書も手に入れなければなりません。還付になる場合には必要はありませんが、納付になった場合には、その納付書に必要事項を記入し、銀行または郵便局で納税します。また、税務署内でも納付できますので申告書を提出した際、一緒に納付してもよいでしょう。

所得税の納税方法には納付書を持参して払う方法のほかに、銀行引落しの方法があります。振替納税をするためには税務署に用意されている振替納税依頼書というはがきに必要事項を記載し、申し込み期限までに提出する必要があります。振替納税による所得税の引落しは4月の中旬頃ですので、1ヶ月程度納税を遅らせるというメリットがあります。また、わざわざ銀行等に行く必要がないので非常に便利といえるでしょう。引越し等により所轄税務署が変わらない限り、一度振替納税にすると翌年以降も振替納税になります。

延納は納期限（3月15日）までに納税額の50％以上納めれば残りの金額は5月31日までに納税すればよいものです。ただし、延納した部分の金額に関しては利子税がかかってしまいます。利子税の率については年率7.3％か前年11月30日現在の公定歩合に4％を加算した率のいずれか低い金額になります。この延納をする場合には申告書の延納の届出欄に3月15日までに払う金額と延納する金額を記載しなければなりません。

所得税が還付される場合には、確定申告書の還付される税金の受け取り場所に銀行口座が郵便局を記載します。銀行口座を指定した場合には申告書提出から約1ヶ月から2ヶ月くらいの間に税務署より還付の通知のはがきが送られてきます。そのはがきに記載された通知日より4〜5日後に入金されます。また、郵便局を指定した場合には通知のはがきがきたら郵便局の窓口に受け取りに行くことになります。