所得税の確定申告書を税務署に提出し、受付が終了したら、基本的には手続きは終了となります。ただし、万が一間違いがあったり、添付しなければならない資料が足りなかった場合には税務署から電話かはがきで連絡がきます。添付資料が足りなかった場合には、追加で提出しなければなりません。

提出した申告書に間違いがあったことに気づいたら、正しい内容の申告書を再提出します。もし、提出期限内に間違いに気づいた場合には新たに正しい申告書を作成して提出します。この場合、後に提出した日付がその方の申告日付になります。しかし、提出期限が過ぎて間違いに気づいた場合には、正しい申告により計算された所得税額が最初に提出した申告書によって計算された税額より、多くなるか少なくなるかによって手続きが異なります。もし、税額が増えてしまう場合（還付申告をした場合には還付金額が減ってしまう場合）には、「修正申告」という手続きにより修正申告書を提出しなければなりません。この場合、増えた税額に対して延滞税がかかります。一方で税額が減る場合（還付申告をした場合には還付金額が増加する場合）には「更正の請求書」を提出します。更正の請求については、還付申告の場合、申告期限より1年という期限が設けられています。

確定申告をするかしないかは申告者自らが判断して申告納付することになっています。これを自主申告納税制度といいますが、もし申告をしなければならなかった人が申告をしなかった場合には、後日税務署の税務調査が行われます。その税務調査によって無申告であったことがわかった場合、また、申告した金額が少なかったことがわかった場合には訂正しなければなりません。このように税務署の調査により税金が課されてしまった場合には、下記のような罰則が課せられてしまいます。