各所得で損益通算するときにはすべての所得を並べて一回で損益通算をするのではなく、一定のルールにしたがった順番があります。

譲渡所得には短期総合所得・長期総合所得・短期分離所得・長期分離所得の4種類がありますが総合所得については第一グループ内で損益通算する前に短期と長期で損益通算します。また、分離所得については原則的に損益通算できませんが、一定の要件のもとで居住用住宅の譲渡損失については、従来どおり損益通算できます。

損益通算の対象となる損失の金額のうち、損益通算をした後でまだ赤字の金額は純損失といいます。純損失が残っている場合には、青色申告をしている方のみになりますが、その純損失は翌年以降3年間損失を繰越控除することができます。ただし、翌年以後その純損失を控除する場合には、純損失の生じた年において青色申告書を期限内に提出し、翌年以降引き続き確定申告書を提出しなければなりません。

確定申告をする際、申告する人の1年間の総所得金額を計算しますが、社会政策上や課税技術上課税されるべきでない所得があります。次に非課税所得を列記しますが、下記に該当する所得があってもその所得については申告する必要はありません。

所得金額が確定したらこの金額から所得控除額を差し引きます。ただし、まず総合課税の合計額である総所得金額から差し引きます。各所得控除については所得控除の種類を参照してください。この所得金額から所得控除額を引いたものが課税所得金額となります。総合課税の総所得から所得控除額を差し引いてマイナスになる場合は、課税所得金額は0となり、マイナスの所得にはなりません。また、分離所得がある人は総所得金額から引ききれなかった所得控除がある場合は分離所得から控除することができます。

課税所得金額を求めたらこの課税所得金額に税率をかけて所得税額を算出します。税率は総合課税・分離課税によって異なりますが、総合課税の所得税率は下記の表により計算されます。