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検索、置換機能の正規表現対応はありがたいです。
これで検索・置換にかかる手間と時間をかなり短縮することができるようになると思います。
ただ、（この表現はあまり正確ではないですが）正規表現にもいくつか種類があること、正規表現をよく分からない人が少なからずいることを考えますと、現在の例示に加えもう少し詳細なヘルプをつけても良いのかな、と感じました。
もっとも、そうまでして正規表現を使って検索・置換をする人がいるのかどうかは分かりませんが。
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新しく加わった、作業フェーズの変更機能は思いの外便利です。
フェーズごとに使える機能に差がある（例えば、ビューワでは文書校正機能が使えないなど）のは、各フェーズが本来想定するシーンを考えればある意味では当然ですが、ユーザーによってはこの差異を不便と感じる人もいるかも知れません。
フェーズごとの機能の差異（あるいは機能の制限）は、[オプション]あるいは[作業フェーズ設定]で変更できる方が便利と考えます。
また、（フェーズによってナレッジウィンドウに表示される項目が変わるわけですから）ユーザー定義のフェーズも用意できればなお便利かと思われます。
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ODF（OpenDocument Format）用のプラグインは、それほど容量を必要とするものではありませんので標準でインストールされても良いと思われます。PDF出力（保存）機能の搭載を希望します。
すでにStarSuite/OpenOfficeはこの機能を持っていますし、Microsoft Officeも最新の2007からアドインというかたちでPDF出力機能を搭載しました。
一太郎の出力は単純に文書と文書情報をPDF化するだけ（さしずめ「簡易PDF出力機能」とでもいいましょうか）にとどめ、より高度な編集（Justsystem PDFSuite の特徴として紹介されているPDF内のページの入れ替え、挿入、削除など）はJustsystem PDF Suiteを利用する、とすれば両者の共存も十分に図れるでしょう。
ODFに加えPDFでの出力機能も搭載すれば、標準化をめざす企業・団体が他社製品ではなく一太郎を導入するインセンティブにもなるはずです。
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タスクバーを右クリックしたときに表示されるメニューですが、Windowsの他のアプリケーションと同様に「閉じる」を最下部に持ってきていただきたいと思います。常駐やスタートアップに登録などよりも利用する頻度が高いですし、また他のアプリケーションの動作とそろえることによって誤操作を減らすことができると思われます。
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ATOK連携辞書（明鏡国語辞典など）か一太郎用の辞書（JUSTSYSTEM電子辞書ライブラリなど）によって利用できる機能やメニューからのたどり方に差異があるのは、その機能が生まれた経緯を考えれば当然ですが、多くのユーザーには分かりづらいものになっていると思います。
表面上同じ辞書引きであるにもかかわらず、[ツール]−[拡張機能]−[辞書引き]から利用できるものとナレッジウィンドウでのみ利用できるものがあるという点は、特に新しいユーザーには分からないばかりか、多くの場合利用できない無駄な機能とうつるでしょう。
どちらかを廃止すべきとは思いませんが（それでは、廃止される機能のユーザーの切り捨てになってしまいます）、用語の統一・変更か、より分かりやすい説明を加えるべきだと考えます。
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ヘルプはまとまっていて見やすいですし、ConceptBaseの機能を使った検索も使いやすいと思いますが、特に他社製品やUIの異なる旧バージョンからバージョンアップした人は、項目やその詳細さ以前に設定画面そのものに戸惑うことも少なくないかと思われます。
ヘルプに設定画面のスクリーンショットをふんだんに取り入れれば、さらに分かりやすくなるのではないでしょうか。
項目の検索については前述のとおりです。
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UIについては前述のとおりです。
候補選択画面、辞書、同音語用例等の画面やATOKパレットも特に問題はありませんでした。
ただ、タスクトレイアイコンがATOK 2006と比べてかすれて（？）表示されるようになりました。
これは私の環境固有の問題なのか、それともATOK 2007がこういう画像になっているのかは分かりませんでした。
パッチなどで改善できるような問題なのであれば、改善を希望します。また、対処方法があればお教え願います。
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「ATOKプロパティ」に「適用」ボタンをつけていただきたいと思います。
複数の設定を変更するときなどに、その都度「OK」を押し、再度プロパティを開き・・・という手順を踏むのは正直なところ不便です。
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ユーザー辞書などの設定は引き継げたものの、アプリケーションごとの設定が上手に引き継げませんでした。
また、「プロパティ関連付けツール」から旧バージョンの関連づけ設定（環境設定ファイル）を選択しても「ATOK 2007の環境設定ファイルとして扱えません」というエラーが出ました。
前者はたまたまうまく動かなかったのか、それとも仕様なのかは分かりませんでした。
後者についてはおそらく仕様だと思いますが、特に使い込んでいる人ほど再設定の手間がかかることを考えると旧バージョンから移行する際にはこれらの設定をそのまま引き継げた方が楽だと思います。
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省入力候補や推測変換候補が表示されていると、そこまで入力していないにもかかわらず候補として挙げられた語句が辞書引きの対象となります。
例えば、「こくさい」という語句を入力しようとする際、「国債の購入」が省入力あるいは推測変換候補として表示されている状態で辞書引きをしようとすると、「国債」ではなく「国債の購入」で辞書引きをし、結果として該当する語句なし、となります。
特に英字を入力している際に問題となります。
省入力候補や推測変換候補が表示されている場合でも、辞書引きの対象はあくまでユーザーが入力した文字列にとどまるようにできればと思います。
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同音語用例と辞書の両方に説明があるとき、片方を表示しているともう片方への切替（私はMS-IMEスタイルなので Ctrl+End）がうまく機能しないことがありました。
これは全てというわけではなく、例えば「受験／受検」では大丈夫でしたが、「意思／意志」で再現しました。なお、候補選択画面が表示されていない段階では辞書引きできました。
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ヘルプについては一太郎で述べた点と同様です。
特にMS-IMEからの以降組の方は設定項目の詳細さに驚かれるとともにとまどいも感じると思われます。
もっとも、あまりに細かすぎる説明はかえって分かりやすさを損ないますから兼ね合いが難しいところではありますが。
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